Территория биосферного резервата Чарын располагается в бассейне р. Чарын и представляет собой уникальную биогеосистему в центральной части Илийской межгорной котловины на юго-востоке Казахстана. Резерват объединяет в единое целое каньонообразную долину р. Чарын с реликтовым ясеневым лесом, прилегающие участки пустынь, отличающихся экзотическим рельефом и участки горных степей центрально-азиатского типа в горах Улькен-Богуты. Уникальной географической особенностью территории является проникновение сюда фрагментов экосистем крайнеаридных пустынь, распростаненных на территории Китая и Монголии. Комбинация различных климатических и орографических условий полсужило основой для образования уникального комплекса местных экосистем, уникальность ландшафтного и биологического разнообразия территории обусловлена также ее расположением на границе крупного биогеографического рубежа азиатского субконтинента между Джунгарским и Туранским типами пустынь Центральной и Внутренней Азии. В целом, в биосферном резервате Чарын сохраняется единый и уникальный комплекс всех биологических и геологических составляющих первозданной природной системы.
Резерват играет большую положительную роль в естественном восстановлении растительности на нарушенных пастбищах окружающей территории, благодаря естественной продукции растительного семенного матерала, что позволяет избежать развития процессов опустынивания и деградации земель. Вся долина р. Чарын, начиная от его истока Челкуды-Су на южном склоне хребта Кетмень и заканчивая его дельтой при впадении в р. Или, с ее богатейшими животными и растительными ресурсами, издавна является средой обитания человека. Население в течение ХХ столетия занималось, главным образом, сельским хозяйством: зерновым земледелием и животноводством, а также охотничьим промыслом, заготовкой и переработкой древесины. При этом наибольшее воздействие за последнее столетие оказывалось на пустынные, степные и лесные ландшафты. Однако, отсутствие больших животноводческих хозяйств и особенности геоморфологического строения положительно влияют на чистоту воды рек резервата. Всё это позволяет в целом сохранить ландшафтное и биологическое разнообразие территории.
Общая площадь территории Чарынского биосферного резервата составляет 239 731 га. Основная ядерная зона занимает 9427,5 га, буферная зона – 117 622,5 га, переходная зона – около 112 681 га. Все основные и буферные зоны соответствуют территории Чарынского государственного национального природного парка. Чарынский государственный природный национальный партк соответствует высшей категории (А1) природных территорий МСОП. Площадь зоны основного биосферного резервата составляет 9427,5 га. Высотные границы биосферного резервата в основной части варьируется от 350 до 1800 м
Основной зоной биосферного резервата является строго охраняемая зона природно-заповедного режима Чарынского государственного природного национального парка, представляющая собой природный горный комплекс центральной части бассейна реки Или, включающий горы Большой и Малый Богуты и Чарынский каньон.
Буферная зона создается с целью защиты от неблагоприятного воздействия вокруг особо охраняемых природных территорий с запрещением в пределах этих зон любой деятельности, отрицательно влияющей на состояние и восстановление экосистем данной территории. Площадь буферной зоны составляет 117 622,5 га.
Переходная зона (зона развития, сотрудничества) Чарынского биосферного резервата расположена на территории Уйгурского, Энбекшиказахского и Райымбекского административных районов Алматинской области. Общая площадь земель переходной зоны составляет около 112 681 га.
В основном используемые земли относятся к пастбищам, прочим землям, менее к сенокосам. Крестьянские хозяйства ведут в основном выпас мелкого и крупного рогатого скота, в меньшей степени выращиваются зерновые культуры (ячмень, кукуруза, подсолнух и др.). В местах выпаса скота имеются несколько десятков чабанских кошар с постройками, предназначенными в основном для содержания скота. Дорожная инфраструктура на территории резервата представлена в основном грунтовыми дорогами между кордонами. На землях населенных пунктов имеется асфальтированная дорога общего пользования, связывающая посёлок Чунджа с мегаполисом Алматы. Центральная усадьба резервата и основные инженерные коммуникации и строения расположены в п. Чунджа. Центральная усадьба биосферного резервата обеспечены телефонной связью, электричеством, водопроводом, местной канализацией и теплоснабжением. Обеспечение инженерной инфраструктурой резервата неполное, это касается кордонов, на многих из которых отсутствует электроснабжение. В большинстве своем кордоны обеспечены электрогенераторами для удовлетворения нужд в электричестве.
Флористическое разнообразие территории Чарынского биосферного резервата насчитывает около 1000 видов высших сосудистых растений, принадлежащих к 426 родам и 90 семействам, что составляет 18% флоры Казахстана (5600 видов). Это свидетельствует о значительном флористическом богатстве территории резервата, которое обусловлено взаимопроникновением видов разных флор на границе крупного ботанико-географического рубежа между пустынями Турана и Джунгарии, условно проходящего по р. Шарын. Для сравнения приведем данные по флоре сходных по природным условиям регионов, например, в Чу-Илийских горах, превышающих площадь биосферного резервата в 5 раз, насчитывает только 823 вида. Хребет Тарбагатай, имеющий площадь почти в 20 раз большую, превышает количество флоры резервата лишь в 2 раза. В составе флоры участков расширения присутствует большое число реликтовых и эндемичных, часто систематически обособленных, видов. Здесь сохранились местообитания целого ряда редких и исчезающих растений, многие из которых являются «краснокнижными».
Фауна биосферного резервата Чарын богата и разнообразна. Здесь обитают 4 вида бесхвостых амфибий, что составляет 33% батрахофауны Казахстана. Из них два вида – данатинская жаба и сибирская лягушка - занесены в Красную книгу Казахстана (1996). Из пресмыкающихся здесь также встречаются представители 10 видов ящериц и 8 видов змей, это 36,7% от фауны пресмыкающихся республики, в Красную книгу Казахстана занесена пёстрая круглоголовка. Орнитофауна представлена 236 видами птиц (48,4% авиафауны Казахстана) из них 130 видов гнездящихся, в том числе 22 вида, занесенных в Красную книгу Казахстана. В резервате достоверно обитает 32 вида млекопитающих. Представители ещё 15 видов также могут быть встречены в более широком регионе. В Красную книгу Казахстана занесены 2 вида (джейран и манул). Таким образом, территория биосферного резервата Чарын имеет высокую ценность для сохранения типичных зооценозов и видов животных.Достаточно указать, что почти половина из перечисленных видов пресмыкающихся, птиц и млекопитающих не встречается на территориях уже существующих ООПТ Юго-Восточного Казахстана, в частности, в Алма-Атинском заповеднике и Иле-Алатауском национальном парке, занимающих иные, более высокогорные ландшафты
Природные условия территории БР Чарын и прилегающих районов очень разнообразны для развития многоотраслевого сельского хозяйства и туризма. Здесь находятся известные памятники природы - единственная в Евразии (вторая после Канады) реликтовая Ясеневая роща с площадью 5,0 тыс га и знаменитые в Казахстане каньоны реки Чарын и реки Темерлик. Возникновение реликтовой рощи относится к эпохе палеогена. Это уникальный памятник природы, сохранившийся с конца третичного доледникового периода. Основу памятника составляет один из древнейших видов современной флоры – ясень согдианский, отнесенный к исчезающему виду по международным критериям МСОП. По территории региона проходит Казахстанский отрезок Великого Шелкового пути. В городе Жаркенте находится уникальный архитектурно-художественный музей «Жаркентская мечеть». В настоящее время данный участок пути является одним из ключевых в торгово-экономических связях Казахстана и Китая. Эти природные и историко-архитектурные объекты являются основой формирования части туристского кластера юга и юго-востока Казахстана. Данный кластер существенно может быть дополнен возможностями биосферного резервата Чарын и окружающих территорий с развитием различных видов и категорий туризма: экологической, этнической, культурной, научной, рекреационной в контексте общеэкономического развития всего региона Юго-Восточного Казахстана
На территории резервата в дальнейшем целесообразно создание винного кластера и строительство дополнительных звеньев технологических процессов и вспомогательных производств по изготовлению тары, товарных знаков, упаковочных материалов и т. д. Также весьма прибыльным для района может оказаться создание тепличных хозяйств на основе использования тепловой энергии термальных источников. Тепличные хозяйства во многом решили бы проблему снабжения г. Алматы свежими овощами, при условии улучшения качества автодороги Чунджа–Алматы. Рядом с резерватом ведётся строительство автобана Западная Европа - Западный Китай (протяженностью 150 км на территории Уйгурского района), общая сметная стоимость, которой оценивается порядка 17–20 млрд. тенге. Безусловно, это даст мощный импульс, как для развития всего района, так и прилегающих к трассе автобана населенных пунктов.