Общая площадь территории БР Коргалжын составляет 529 300 га. На основную зону ядра (территория Алакольского государственного природного заповедника) приходится 19 712,9 га, буферная зона – 26 667 га (2-х км полоса по периметру государственного заповедника), зона развития - около 511 300 га.
Основной зоной БР является строго охраняемая зона заповедного режима Алакольского государственного природного заповедника, которая представляет собой водно-болотный природный комплекс дельты реки Тентек, включая и часть акватории озера Сасыкколь, и трех островов на озере Алаколь с их прибрежными территориями, которые являются важнейшими территориями гнездования многих редких видов птиц. В соответствии со ст. 39 гл. 7 Закона РК «Об особо охраняемых природных территориях», государственный природный заповедник - особо охраняемая природная территория со статусом природоохранного и научного учреждения, целью деятельности которого являются сохранение и изучение на его территории естественного хода природных процессов и явлений, объектов растительного и животного мира, отдельных видов и сообществ растений и животных, типичных и уникальных экологических систем и их восстановление. На специально выделенных участках, не включающих особо ценные экологические системы и объекты, допускается в порядке, установленном уполномоченным органом, создание экскурсионных троп и маршрутов для проведения регулируемого экологического туризма (ст. 42). Алакольский государственный природный заповедник соответствует высшей категории (А1) природных территорий Международного cоюза охраны природы. Площадь основной заповедной зоны Биосферного резервата Коргалжын - 19 712,9 га.
Зона ядра представляет собой четыре участка – дельта реки Тентек и острова Улькен Аралтобе, Средний и Кишкене Аралтобе. Граница основной территории резервата в дельте реки Тентек начинается от береговой кромки оз. Сасыкколь, залив Бургон, продолжается по заболоченной местности в юго-восточном направлении на протяжении 7 км до урочища Тогызтубек вдоль границ крестьянского хозяйства (к/х) Кабыкбаева Б. Затем поворачивает строго на запад до урочища Миялы. Затем граница продолжается в южном направлений до урочища Туюксу на протяжении 7,6 км. От урочища Туюксу граница продолжается по водно-болотным угодьям до урочища Каскыржота на протяжении 12 км. От урочище Каскыржота до урочища Кокпекты граница проходит также по водно-болотным угодьям вдоль границ Алакольского лесхоза в юго-западном направлении до моста через протоку на остров Ширяев на протяжении 19 км, и поворачивает в северном направлении вдоль дельтовых водоемов: Кугумбай, Интымак, Сафрон до к/х Алехина Н. Затем меняет направление на запад до урочища Байбала огибая протоку в юго-восточном направлении возвращается до переходного моста на остров Ширяев обшей протяженностью 20,2 км. Расстояние между соприкосновением границ равно – 1,5 км, затем граница проходит в юго-западном направлении вдоль границ к/х Байжумановой, Толгамбай, Филимоновых до урочище Карамойын вдоль границы к/х Шуменова до ур. Жарсуат на протяжении 15,4 км. Граница заповедника проходит по акватории оз. Сасыкколь от урочища Жарсуат по юго-западной стороне оз. Сасыкколь до залива Бургон протяженностью 40 км.
Общая площадь зоны ядра на участке дельты реки Тентек составляет – 17 422,9 га. Площадь островов: остров Улькен Аралтобе – 2 119,0 га, остров Кишкене Аралтобе – 148,0 га и остров Средний – 23,0 га. Территория зоны ядра участков дельты реки Тентек и двух островов Ульенк Аралтбе и Кишкене Аралтобе располоены в Алакольском районе Алматинской области на общей площади 19 564,9 га, а остров Средний – в Урджарском районе Восточно-Казахстанской области (23,0 га).
Буферной зоной БР Алаколь согласно законодательства РК является охранная зона заповедника, которая охватывает двухкилометровую полосу по периметру зоны ядра заповедника. Согласно ст. 43 Закона РК «Об ООПТ» охранные зоны создаются для защиты от неблагоприятных внешних воздействии вокруг особо охраняемых природных территории, с запрещением в пределах этих зон любой деятельности, отрицательно влияющей на состояние и восстановление экосистем данных территории. На территории БР земли буферной зоны не изъяты у основных землепользователей, они состоят из земель сельскохозяйственного назначения и находятся в ведении сельско-хозяйственных организаций и частных лиц. Ведение хозяйственной деятельности на отдельных участках охранной зоны (сенокошение, пастьба скота) осуществляется по согласованию с государственным Уполномоченным органом (КЛОХ МСХ РК) и под контролем администрации государственного природного заповедника. На территории буферной зоны БР проводятся мероприятия в области экологического образования, досуга, экотуризма, а также ведутся научные исследования. Площадь буферной охранной зоны - 26 667 га. В дельте Тентека буферная зона составляет 21 547 га (в том числе 4 400 га акватории оз. Сасыкколь), а вокруг островов Улькен Аралтобе, Средний и Кишкене Аралтобе на оз. Алаколь - 5130 га.
Переходная зона (зона развития, сотрудничества) БР Алаколь расположена на территории двух административных районов из двух областей: в основном в Алакольском (Алматинская область) и частично в Урджарском районе (Восточно-Казахстанская область). Общая площадь земель переходной зоны составляет 511 300 га.
Наиболее крупными землепользователями Алакольского и Урджарского районов являются сельско-хозяйственные предприятия, за которыми закреплено 251 885 га земель (из них орошаемых - 18 416 га). К остальным крупным землепользователям относятся организации, работающие в области промышленности, транспорта, связи и обороны. Таким организациям, среди которых наиболее крупными являются нефтепровод «Атасу-Алашанькоу», Министерство обороны РК и Пограничная служба Комитета национальной безопасности Республики Казахстан, предоставлены земли не сельскохозяйственного назначения общей площадью 49 882 га. Земли, занятые населенными пунктами с закрепленными за ними землями для нужд местного населения (пастбища общего пользования, скотопрогоны и т.д.), составляет 59 363 га. Кроме этого, большие территории принадлежат Государственному управлению по охране лесов и животного мира Алакольского района (земли лесного фонда - 314 786 га).
Территория переходной зоны БР занята под пастбища, многочисленные водно-болотные угодья и поселки. Она представляет собой в основном давно заселённые и освоенные районы. На этих территориях необходимо организовать восстановление возобновляемых природных ресурсов. В первую очередь это относится к организации устойчивого ведение рыбного и охотничьего хозяйства.
Для привлечения соответствующего круга партнеров создан Координационный Совет БР Алаколь, в который включены представители государственного природного резервата, природопользователей, местных органов власти и общественных организаций.
Согласно законодательству РК управление хозяйственной деятельностью на отдельных участках буферной зоны БР (сенокошение, пастьба скота) осуществляется по согласованию с государственным Уполномоченным органом (КЛОХ МСХ РК) и под контролем администрации государственного природного заповедника, все спорные вопросы решаются на заседаниях Координационного Совета БР. В ходе подготовки Постановлений акимов Восточно-Казахстанской области и акима Алакольского района Алматинской области об установлении 2-х километровой охранной зоны по границе государственного природного заповедника, были проведены согласования со всеми природопользователями о совместной деятельности на землях буферной зоны. Земли буферной зоны, находящиеся в частном использовании, у землепользователей не изъяты.
В настоящее время имеется План управления Алакольским государственным природным заповедником, который относится к управлению основной и буферной зоны БР. У природопользователей имеются свои менеджмент-планы, которые соотносятся с Планом управления заповедника. Вследствие этого простое объединение всех этих планов является по сути Общим Интегрированным планом Управления всей территории БР. Специальный план управления БР, включающий переходную зону, пока не создан, т.к. на этом этапе развития БР в нем нет необходимости. Все спорные вопросы решаются на заседаниях Координационного Совета БР.
Управление БР проводится через Координационный Совет БР Алаколь, созданный в 2012 г. Ранее управление всей территорией проводилось через Научно-Технический совет заповедника (до июля 2012 г.). Координационый Совет является коллегиальным общественным органом и создан для целей внедрения политики эффективного управления и устойчивого использования ресурсов БР, внедрению альтернативных видов деятельности, ресурсосберегающих и ресурсо-возобновляющих технологий. Координационный Совет БР, в состав которого входят представители государственных агентств (территориальное управление лесного и охотничьего хозяйства и территориального управления рыбного хозяйства), природного заповедника, акиматов, местных неправительственных организаций и землепользователей, необходим также для обеспечения сотрудничества и преодоления противоречий между всеми природопользователями.
На территории БР в настоящее время проводится мониторинг состояния и сохранения природных комплексов, а также мониторинг редких и исчезающих видов для уточнения состояния популяций, выяснения особенностей экологии редких видов животных и растений, что даст возможность оценить перспективу сохранения и восстановления этих видов. Цель мониторинга - получение регулярных объективных данных о состоянии растений и животных на территории БР, а также о состоянии их среды обитания. На основе данных мониторинга необходимо проводить текущую оценку состояния популяций и экосистем, эффективности функционирования БР, а также разработку мер по предупреждению (устранению) критических ситуаций и нежелательных явлений. В рамках мониторинга ведется «Летопись природы», а также проводятся учеты численности крупных водоплавающих и околоводных птиц (лебедей, фламинго, пеликанов и др.), млекопитающих и беспозвоночных животных.
Согласно Перспективному тематическому плану научных исследований на территории ООПТ на 2011-2015 гг. проводятся работы по 7 научным темам: 1) Наблюдение явлений и процессов на территории резервата и их изучение по программе «Летописи природы», 2) Инвентаризация флоры и растительности Алакольского заповедника, 3) Редкие и исчезающие птицы Алакольского заповедника, 4) Кадастр фоновых и редких млекопитающих Алакольского заповедника, 5) Характеристика современного состояния ихтиофауны Алакольского заповедника и создание системы ее долгосрочного мониторинга, 6) Оценка биоразнообразия основных групп беспозвоночных животных Алакольского заповедника, 7) Мониторинг гидробионтов дельтовых водоемов Алакольского заповедника.
Для организации и проведения культурно-просветительских мероприятий в резервата имеется отдел экологического просвещения, в котором работает 4 человека. Культурно-просветительскую работу также выполняют и сотрудники отдела науки, информации и мониторинга. Целью работы отдела является формирование экологической грамотности у населения, понимания ключевой роли охраняемой территории, важности сохранения уникальной природы, получение общественной поддержки, а также воспитание чувства патриотизма, ответственности за окружающую природу и как результат снижение прессинга со стороны местного населения на биоразнообразие региона. Основные направления деятельности - работа со средствами массовой информации, рекламно-издательская деятельность, музейное дело, экологические экскурсии и познавательный туризм взаимодействие с учительским корпусом и органами образования. Кроме этого, сотрудники отдела разрабатывают плакаты, листовки и иную наглядную агитацию, а также принимают участие в обеспечении практик студентов природоохранного профиля на базе заповедника.
При поддержке проекта ПРООН/ГЭФ по водно-болотным угодьям для повышения квалификации и подготовки кадров сотрудники государственного природного заповедника выезжали по обмену опытом в биосферный резерват Коргалжын, заповедник Аксу-Джабаглы, Каратауский заповедник (Казахстан), Березинский заповедник (Беларусь), экологический центр «Заповедники» (Москва, Россия), Парк дельты реки По (Италия), а также на научно-практические конференции внутри Казахстана (Алматы, Астана) и за рубеж (Минск, Белоруссия; Равенна, Италия). В 2009-11 гг. были проведены обучающие семинары для сотрудников резервата по подготовке плана управления, ведению мониторинга за биоразнообразием, обучение инспекторов порядку составления протоколов и соблюдение Правил техники безопасности и пожаротушения.
Биосферный резерват Алаколь, включающий в себя систему Алаколь-Сасыккольских озер, расположен в пределах Алакольской впадины, которая с севера отграничена хребтом Тарбагатай, с юга хр. Джунгарский Алатау, на востоке и юго-востоке хребтом Барлык. Между хребтом Барлык и Джунгарским Алатау находится узкий горный проход, именуемый Джунгарские ворота. Территория биосферного резервата расположена на Центрально-Азиатско-Индийском пути миграций птиц и является водно-болотным угодьем мирового значения, как место обитания и концентрации мигрирующих водных и околоводных птиц. Эта территория, внесенная 25 ноября 2009 г. в список водно-болотных угодий международного значения Рамсарской Конвенции, является местом гнездования 203 видов птиц из 342 зарегистрированных здесь видов. Более половины гнездящихся видов (110) относятся к группе водно-болотных, из которых 22 вида является редкими, исчезающими и внесенными в Красные книги МСОП и РК: кудрявый пеликан Pelicanus crispus, колпица Platalea leucorodia, фламинго Phoenicopterus roseus, белоглазая чернеть Aythya nyroca и др.). На территории основной и буферной зон отмечено 269 видов птиц, из них 110 видов являются водно-болотными, которые доминируют по численности в период весенних и особенно осенних миграций.
Ихтиофауна водоемов БР, включающего все важнейшие водоемы Алакольской впадины, насчитывает 22 вида из 6 семейств. Аборигенная ихтиофауна представлена 9 видами, которая в 20 веке была дополнена за счет искусственных вселенцев, многие из которых в настоящее время являются наиболее многочисленными в Алакольских озерах и впадающих в них реках. Из числа аборигенных видов Балхашский окунь Perca shrenki внесен в Красную книгу РК и МСОП. В коренной и буферной зоне БР обитает 17 видов.
Амфибии представлены 2 видами, а рептилии 24 видами, из которых 1 вид пестрая круглоголовка Phrynocephalus versicolor занесена в Красную Книгу РК.
На территории биосферного резервата встречается 44 вида млекопитающих, относящихся к 6 отрядам: насекомоядные – 4 вида, рукокрылые -3, хищные – 10, парнокопытные – 3, грызуны – 23 и зайцеобразные – 1 вид. По характеру пребывания все млекопитающие подразделяются на 2 группы: оседлые - 21 вида и мигрирующие (или совершающие местные кочевки - 23 вида). К числу оседлых относятся, прежде всего, представители отрядов грызуны и насекомоядные, а представители отрядов рукокрылые, зайцеобразные, хищные и копытные, совершают разной протяженности сезонные миграции. В количественном отношении большинство обитающих здесь млекопитающих относятся к обычным или многочисленным видам (хищные, грызуны). По отношению к типу местообитаний, населяющие проектную территорию млекопитающие делятся на 2 группы: полуводные и наземные. К первой группе относится лишь ондатра, ко второй – все другие обитающие здесь млекопитающие. Из всей териофауны БР тушканчик Житкова Pygerethmus zhitkovi является эндемиком Казахстана, а 15 видов относятся к ресурсным, в том числе 10 видов (волк, лисица, горностай, степной хорь, барсук, пятнистая кошка, кабан, сибирская косуля, ондатра, заяц-песчаник) имеют важное охотничье-промысловое значение. Из млекопитающих, занесенных в Красную книгу Казахстана, на территории БР обитают четыре вида: перевязка Vormela peregusna, селевиния Selevinia betpakdalensis, джейран Gazella subgutturoza и манул Felis manul.
Фауна насекомых относится к представителям 88 семейств из 13 отрядов, из них 14 видов внесены в Красную книгу РК и 1 вид - короткокрылый богомол Bolivaria brachyptera в Красный список МСОП. Состав зоопланктона озер Алаколь-Сасыккольской системы насчитывает 140 таксонов, а таксономический состав макро-зообентоса представлен 82 видами и формами. Наиболее богата видами и формами бентофауна озера Алаколь - 43 таксона.).
На номинируемой территории биосферного резервата произрастает 678 видов высших растений, относящихся к 293 родам, 85 семействам, среди которых для Казахстана 6 вида являются эндемичными и 10 видов – субэндемичными. Водную флору представляют 25 видов растений. Встречаются 2 вида растений, занесенных в Красную книгу Республики Казахстан: тюльпан Колпаковского (Tulipa kolpakowskiana) и тюльпан короткотычиночный (Tulipa brachystemon). Виды, имеющие хозяйственное значение, составляют около 40 % всего флористического разнообразия. Основные растительные сообщества представлены 5 основными типами: пустынный, луговой, болотный, тугайный, погружено-водный и фрагментарно еще 2 типами: кустарниковый и широколиственно-лесной.
Биосферный резерват Алаколь расположен на территории Алакольского района Алматинской области и Урджарского района Восточно-Казахстанской области. В Алакольском районе живет 76,8 тыс. человек, из них 58,8 тыс. казахов, 16,0 тыс. русских, 0,1 тыс. уйгуров, 0,2 тыс. немцев, 0,2 тыс. татаров, 0,2 тыс. украинцев и 1,3 тыс. остальных этнических групп. Плотность населения Алакольского района составляет 3 человека на 1 кв. километр. Население Урджарского района составляет 90,7 тыс. человек, по этническому составу доминируют казахи 87,4 % и русские 10 %, остальные этносы (2.6 %) представлены равномерно. Средняя плотность населения составляет 3,9 человек на 1 кв. километр. Экономика региона представлена в основном сельским хозяйством
Сельское хозяйство представлено в основном растениеводством (масленичные, зерновые) и животноводством и в меньшей степени переработкой сельскохозяйственной продукции. Оба района являются крупными агропромышленными комплексами. Урджарский район издавна славится своим крупным мясокомбинатом, который и в настоящее время обеспечивает весь регион мясной и колбасной продукцией. В обоих районах действуют различные предприятия, занимающиеся выращиванием крупного и мелкого рогатого скота, а также подсолнечника, зерновых и бахчевых культур, некоторые предприятия выпускают подсолнечное масло и муку.
Промышленность Алакольского района представлена такими крупными предприятиями, как сахарный завод АО «Азия сахар», Рыбокомбинат ТОО «Рыбпром», нефтебаза АО «Казмунайгаз», нефтебаза «Казтранссервиз», корпорация «TSC-agro», АО «Агропромтехника» сотрудничающая с компанией «Вита- Соя», которая занимается выращиванием, инвестированием и закупкой сои у других сельхозтоваропроизводителей района, и ряд других предприятий республиканского и местного уровня. Сахарный завод АО «Азия сахар» обеспечивает работой до 600 работников, кроме местного сырья здесь перерабатывается сахарный тростник, который импортируется из стран Южной Америки и Австралии, ежегодно перерабатывается до 15 000 тонн сырья. Рыбокомбинат ТОО «Рыбпром» и аналогичный рыбный завод в окрестностях железнодородной станции Бесколь специализируются на производстве рыбного филе для экспорта в страны Европы. Каждый завод рассчитан на переработку 5 тонн рыбы в сутки, но такой объем в настоящее время невозможно поставить из-за истощения рыбных запасов окрестных озер. Из остатков рыбного сырья на заводе изготавливается рыбо-костная мука, которая экспортируется в Китай и другие страны.
Строительство нефтепровода «Атасу-Алашанькоу» также оказывает позитивное влияние на экономику Алакольского района: создаются рабочие места, увеличился спрос на продукты питания, жилье, ГСМ, запчасти и расходные материалы на автомобили и железнодорожные услуги.
Благоприятно влияет на экономику Алакольского и Урджарского районов их приграничное положение. Оба района имеют крупные таможенные терминалы на границе с Китаем: таможня Бахты в Урджарском районе и железнодорожная ст. Достык в Алакольском районе. Через таможню Бахты проходят грузы в северные регионы Казахстана, а также транзитные грузы в Россию и другие европейские страны. Станция Достык является единственным на территории Казахстана железнодорожным терминалом на границе с Китаем. Вследствие этого в Алакольском районе в настоящее время проводится строительство крупных ж/д тупиков, перевалочных терминалов и нефтебаз.
Экологический туризм. На территории транзитной зоны БР в последние 10 лет озеро Алаколь становится все более популярным, как пляжный и водно-грязе-лечебный курорт для жителей Казахстана и сибирских регионов России. В пляжном туризме вместе с крупными туроператорами заняты и местные жители двух сел Акши и Коктума Алакольского района, а также жители села Кабанбай Урджарского района. Несмотря на непродолжительность пляжного сезона на озере Алаколь (максимум 2 месяца), большая часть дохода жителей этих сел складывается из работы по обустройству и обслуживанию туристов. На побережье оз. Алаколь со стороны Алакольского района имеется более 20 баз отдыха, которые принимают от 10 до 130 человек в день. Значительная часть туристов проживают в частных гостевых домах. Если в 2004 году на южном побережье оз. Алаколь отдохнуло 11 тыс. человек, то в 2005 г число туристов возросло до 12 тыс. человек. В 2012 году общее количество туристов ожидается около 25 тыс. человек, причем многие предпочитают добираться до курортной зоны на своем автотранспорте и проживать в кемпингах. В настоящее время озеро Алаколь является наиболее динамично развивающимся летне-сезонным туристическим центром Казахстана.
В настоящее время потенциал экологического туризма с образовательными целями пока недостаточно раскрыт, хотя Алаколь-Сасыккольская система озер является одним из знаменитых мест для туристов любителей птиц со всего мира. В буферной зоне БР при поддержке Проекта ГЭФ/ПРООН по сохранению водно-болотных угодий разработаны 5 туристических маршрутов. Кроме этого, сотрудниками отдела экологического просвещения БР Алаколь также разработан маршрут экологической тропы, который оборудован смотровыми вышками. Это позволяет школьникам, студентам, любителям природы и другим туристам на отведенных маршрутах поближе познакомиться местной природой.
В настоящее время основную научно-техническую поддержку на территории БР осуществляет штат государственного природного заповедника Алаколь, а также участники многолетнего проекта ГЭФ/ПРООН «Комплексное сохранение приоритетных глобально значимых водно-болотных угодий как мест обитания мигрирующих птиц: демонстрация на трех территориях». В рамках проекта ГЭФ/ПРООН усилена материально-техническая база и проведены обучающие семинары. Ежегодно администрацией Алакольского заповедника проводятся различные фестивали и конкурсы (Марш парков, праздник птиц, конкурсы детского творчества и др.). С 2000 г. функционирует Музей природы, который занимает несколько экспозиционных залов с 234 музейными экспонатами (более 200 чучел зверей и птиц, энтомологическая и ботаническая коллекции). С 2004 г. организован дендросад, в котором высажены 439 экз. - 55 видов деревьев и кустарников и 18 видов цветковых растений. Кроме этого, с 2003 г. существует зимний сад, насчитыва.щий 210 растений 80 видов.
В рамках повышения технической базы передана безвозмездно часть оборудования проекта ГЭФ/ПРООН (легковые автомашины, компьютеры и др. оргтехника, приборы для контроля за качеством воды, фотоаппараты, видеокамера, эхолот, бинокли, подзорные трубы, GPS и др.). В 2004-2011 гг. были проведены различные обучающие семинары по подготовке плана управления, ведению мониторинга за биоразнообразием, обучение госинспекторов процедуры составления протоколов, соблюдение Правил техники безопасности и пожаротушения, организованы командировки по обмену опытом в биосферный резерват Коргалжын, заповедник Аксу-Джабаглы, Каратауский заповедник (Казахстан), Березинский заповедник (Белоруссия), Парк дельты реки По (Италия), а также на научно-практические конференции внутри Казахстана (Алматы, Астана) и за рубеж (Минск, Беларусь; Равенна, Италия).
Территория биосферного резервата Алаколь расположена в Сахаро-Гобийской пустынной области в Северо-Туранской провинции в Восточно-северотуранской подпровинции. На крайнем юго-востоке небольшая часть территории уже относится к Джунгарской провинции. В целом, БР расположен в переходной зоне между Джунгарским и Северотуранским типами пустынь, этим обусловлено существование здесь уникальных растительных сообществ с оригинальной флористической композицией и разной географической ориентацией (джунгарский, джунгаро-северотуранский и северотуранский ботанико-географические типы). Спектр зональности на предгорных равнинах характеризуется сменой эфемероидно-полынных пустынь на серозёмах, остепненными злаково-полынными пустынями на бурых почвах и настоящими пустынями на серо-бурых почвах (восточная часть БР, прилегающая к Джунгарским воротам). Центральная, самая низкая часть Алакольской впадины занята озёрами, по периферии которых встречается гидроморфная растительность луговая и болотная. Кроме того, влаголюбивые типы растительности приурочены к долине и дельте р. Тентек. На островах озера Алаколь произрастает изреженная пустынная растительность. Для небольших участков соровых солончаков характерна сочносолянковая растительность.
В пределах территории БР представлено 58 экосистем, сгрупированные в 3 порядка: наземные природные (35 типов), аквальные (10 типов) и наземные антропогенно-трансформированные (13 типов) экосистемы. Наибольшую площадь занимают наземные природные экосистемы (49,45 %), затем аквальные экосистемы (44,37 %) и антропогенно-трансформированные экосистемы, которые отмечены на сравнительно большой площади (13,43 %). Наземные природные экосистемы мало затронуты деятельностью человека и занимают обширные пространства, это в основном территории основной и буферной зон Алакольского резервата, а также восточная и юго-восточная части переходной зоны. Полная классификация экосистем приводится в приложении.
На территории БР представлены 5 типов растительности: пустынный, луговой, болотный, тугайный, погруженно-водный и фрагментерно еще 2 типа кустарниковый и широколиственно-лесной: 1. Пустынный тип растительности с доминированием полыней, злаков, однолетних и многолетних (полукустарнички, полукустарники) включает 5 подтипов: полынный; многолетнесолянковый, эфедровый, саксауловый, нитрариевый, псаммофитнокустарниковый и сочносолянковый. 2. Луговой тип растительности состоит из 3 подтипов: болотистые луга, настоящие луга, галофитные луга. 3. Болотный тип растительности - травяные болота формируются на почвах болотного ряда (иловато-болотных) с доминированием крупных корневищных злаков, по типу водного питания относящихся к гидро и гигрофитам; 4. Тугайный тип растительности включает пойменные леса, древесно-кустарниковые и кустарниковые заросли; в этих уникальных тугайных древесно-кустарниковых сообществах долин рек предгорий наряду с типичными видами (ивы, лох) встречаются также боярышник, шиповник, разнообразные травянистые и древовидные лианы; 5. Погружено-водная растительность водоемов является основным компонентом плавнево-литоральных комплексов Алакольской межгорной впадины, она широко представлена на мелководьях озер и в дельтовых протоках реки Тентек. 6. Кустарниковый тип растительности встречается фрагментарно и включает участки курчавковых (Atraphaxis replicata, A. frutescens, A. compacta) группировок. 7. Широколиственные леса с уникальными яблоневыми рощами (Malus sieversii) встречаются также фрагментарно. Кроме этого, выделяется также особый тип растительности - растительность залежей и антропогенно-нарушенных земель, в которых доминируют сорно-травные сообщества на залежах на месте орошаемых и богарных пашен, они по доминантному составу растительных сообществ представляют три стадии: бурьянистую сорно-травную; восстанавливающуюся длительно-производную и восстановленную зональную квазикоренную.
БР Алаколь представляет собой чрезвычайно важный природный комплекс Алаколь-Сасыкольской системы озер в переходной зоне между Джунгарским и Северотуранским типами пустынь и является одним из ключевых участков глобального значения на пути миграции птиц в Евразии. Дельта реки Тентек и акватория озер Алакольской впадины являются угодьями международного значения и номинированы в списке водоёмов Рамсарской Конвенции по критериям Ia, Ib. Эти обширные водоёмы привлекают огромное количество водоплавающих и водно-болотных птиц.
Здесь зарегистрировано 342 вида птиц, из них 203 гнездящихся. В основной и буферной зонах встречается 269 видов птиц (78,7%), из которых 133 вида (65,5%) здесь гнездятся: в дельте реки Тентек отмечено 263 вида птиц (119 гнездящихся), а на 2 островах Алаколя соответственно 87 и 50 видов. Из всего многообразия птиц 22 вида внесено в Красный список МСОП и в Красную книгу РК, из них в основной и буферной зонах достоверно гнездится 16 «краснокнижных» видов: кудрявый пеликан, колпица, черный аист, лебедь-кликун, белоглазая чернеть, савка, орлан-белохвост, змееяд, серый журавль, журавль-красавка, дрофа, джек, стрепет, черноголовый хохотун, реликтовая чайка, филин. Еще 9 видов (розовый пеликан, степной орёл, орел-могильник, беркут, могильник, сокол-балобан, чернобрюхий рябок, саджа) гнездятся в Алакольской котловине в переходной зоне БР. В период сезонных миграций здесь также иногда встречается 6 видов из Красной книги РК: малый лебедь, обыкновенный турпан, скопа, сокол-сапсан, шахин и орлан-долгохвост. Еще 8 “краснокнижных” видов редко залетает на оз. Алаколь и могут быть встречены в отдельные годы на территории БР: малая белая цапля, каравайка, фламинго, горбоносый турпан, белый журавль (стерх), тонкоклювый кроншнеп, малый кроншнеп и азиатский бекасовидный веретенник. Озеро Алаколь является важнейшим в Центральной Азии местом не только размножения, но и мест массовой линьки и миграционных скоплений водоплавающих и околоводных птиц.
В водоемах БР отмечены 22 вида рыб из 6 семейств, причем аборигенных насчитывается 9 видов, а остальные были искусственно интродуцированы человеком для повышения рыбной продуктивности озер. Один из аборигенных видов рыб - Балхашский окунь Perca shrenki - внесен в Красную книгу РК и МСОП. В коренной и буферной зоне БР обитает 17 видов рыб (85 %).
Герпетофауна БР представлена 26 видами (2 вида амфибий и 24 вида рептилий: 1 вид черепах, 8 видов змей, 14 видов ящериц), из которых 1 вид - пестрая круглоголовка Phrynocephalus versicolor занесена в Красную Книгу РК. В основной и буферной зоне БР обитает только 10 видов рептилий (4 вида ящериц и 6 видов змей) и 2 вида амфибий.
Териофауна БР представлена 44 видами млекопитающих, относящихся к 6 отрядам (насекомоядные – 4 вида, рукокрылые -3, хищные – 10, парнокопытные – 3, грызуны – 23 и зайцеобразные – 1 вид). Один из видов млекопитающих БР (тушканчик Житкова Pygerethmus zhitkovi) является эндемиком Казахстана. На территории БР обитают четыре вида (перевязка Vormela peregusna, селевиния Selevinia betpakdalensis, джейран Gazella subgutturoza и манул Felis manul), внесенные в Коасную книгу РК. К видам имеющим хозяйственное значение относятся 15 видов (волк, лисица, горностай, степной хорь, барсук, пятнистая кошка, кабан, сибирская косуля, ондатра, заяц-песчаник и др.). Дельтовая часть реки Тентек, относящейся к основной зоне БР, является важнейшим местообитанием для сохранения большинства охотничье-промысловых зверей Алакольской котловины, особенно кабана, косули, ондатры, лисицы, корсака, горностая и степного хоря.
Энтомофауна пока слабо изучена, в настоящее время на территории БР отмечены насекомые из 88 семейств 13 отрядов: Стрекозы (Odonata); Богомолы (Mantoptera); Привиденьевые, или Палочники (Phasmoptera); Прямокрылые (Orthoptera); Кожистокрылые, или уховертки (Dermaptera); Веснянки (Plecoptera); Равнокрылые (Homoptera); Полужесткокрылые, или клопы (Hemiptera); Жесткокрылые (Coleoptera); Перепончатокрылые (Hymenoptera); Чешуекрылые (Lepidoptera); Двукрылые (Diptera) и Сетчатокрылые (Neuroptera). В Красную книгу РК внесены 14 видов насекомых, один из которых короткокрылый богомол Bolivaria brachyptera внесен также и в Красный список МСОП. Среди узкоэндемичных видов насекомых БР отмечены жесткокрылые Callistenes karelini, Cicindela lacteola brodskii, Dorcadion cephalotes, D. alakolense, Xylotrechus arnoldi, Stenocorus minutus, а также прямокрылые Tropidopola turanica iliensis, Sphingonotus eurasius kazakus,Mesasippus kozhevnikovi robustus, Eremippus pusillus, Damalacantha vacca.
В состав зоопланктона озер БР входит 140 таксонов, из них во всех озерах широко распространены коловратка Keratella quadrata quadrata и ракообразные Diaphanosoma lacustris и Arctodiaptomus salinus. В категорию ключевых видов выделено 12 таксонов зоопланктона: Arctodiaptomus salinus, Diaphanasoma lacustris, Thermocyclop scrassus, Mesocyclops leuckarti, Ceriodaphnia reticulate, Megacyclops viridis, Bosmina longirostris, виды рода Brachionus, Hexarthrafennica, Keratella quadrata, Asplanchna brightwelli, Filinia longiseta.
Таксономический состав организмов макро-зообентоса водоемов Аллаколь-Сасыккольской системы озер представлен 82 видами и формами из четырех групп, среди которых насекомые – 60 видов, моллюски – 12 видов, черви – 9 видов и ракообразные – 1 вид. Наиболее богата видами и формами бентофауна озера Алаколь - 43 таксона. Обнаруженные организмы бентоса широко распространены в водоемах Палеарктики, за исключением эндемичного вида моллюска Балхашская битиния Bithyniia caerulans, который в настоящее время обитает в озере Балхаш и озерах биосферного резервата Алаколь (озера Кошкарколь, Сасыкколь и Алаколь).
Флора высших растений БР состоит 678 видов, относящихся к 293 родам, 85 семействам, среди которых 6 видов являются эндемичными (Astragalus ornithorrhynchus, Euphorbia blepharophylla, Tulipa brachystemon,Tragopogon scoparius, Artemisiascopiformis, Microcephalasublogosa) и 10 видов – субъэндемичными (Scutellariaalbertii, Artemisiasaissanica, Turaniphytum eranthemum, Zygophyllum semenovii, Zygophyllum macropterum, Paraeremostachys dchungarica, Scutellaria albertii, Astragalus brachypus, A. cognatus, A. karakugensis). Водную флору представляют 25 видов растений, причем одним из многочисленных по видовому составу родов является рдест (5 видов). Все водные виды относятся к погружено-водным макрофитам, которые распространены в акватории озер, рек и проток среди тростниковых плавней. Из видов, занесенных в Красную книгу Республики Казахстан, отмечены: тюльпан Колпаковского (Tulipa kolpakowskiana) и тюльпан короткотычиночный (Tulipa brachystemon). Хозяйственное значение имеют около 40 % флоры БР, из них большое количество относится к лекарственным (24 вида), медоносным (27 видов) и диким сородичам культурных растений (24 вида).
Потенциал региона связан прежде всего с развитием животноводства и растениеводства, а также с рыболовства и эколого-рекреационным туризмом. В региональном масштабе опыт развития эколого-рекреационного туризма на территории БР может быть успешно использован на Юге и Востоке Казахстана (озера Южного Казахстана, оз. Балхаш, оз. Зайсан и др.). В настоящее время на территории БР Алаколь успешно развивается казахстанско-китайские экономические проекты, связанные со строительством нефте-газопроводов, железнодорожного и шоссейного строительства. Реализуется также проект по использованию альтернативных источников энергии – ветровые электрические станции в районе природной аэродинамической трубы Джунгарский Ворот (узкий естественный проход между северной частью Джунгарского Алатау и южными отрогами Тарбагатая) .
Очень перспективным является развитие эколого-рекреационного туризма на основе БР. Близость к резервату областной столицы (г. Талдыкорган) и казахстанского финансово-экономического и культурного центра (г. Алматы) с хорошо развитой туристической инфраструктурой (международный аэропорт, авто- и ж/д вокзалы, гостиницы, турфирмы, сеть пунктов питания и т.д.) дает потенциальную возможность казахстанским и зарубежным туристам для комфортного проживания по прибытии в регион Юго-Восточного Казахстана и дальнейшего переезда в район БР Алаколь. В дальнейшем туристские услуги на территории БР (села в зоне сотрудничества) будут также развиваться и как частный гостевой туризм с предоставлением туристам дополнительных услуг со стороны местного населения (прокат и катание на лодках, верховая езда, рыбалка и пр.) с продажей продуктов питания с собственного приусадебного хозяйства и местных сувениров очень популярных у туристов.